Η τομάτα είναι ένα φρούτο το οποίο πιθανολογείται ότι πρωτοκαλλιεργήθηκε από τους αρχαίους πολιτισμούς των Ίνκας και των Αζτέκων από το 500 π. Χ. Εξαπλώθηκε αργά σε όλη την κεντρική και νότια Αμερική, όπου εξημερώθηκε από τους Ινδιάνους και χρησιμοποιήθηκε ως φαγητό αλλά και ως παραισθησιογόνο σε ορισμένες περιοχές.
Η πρώτη ευρωπαϊκή επαφή με την τομάτα έγινε το 1493 από τον Χριστόφορο Κολόμβο. Τον 16ο αιώνα εισάγεται στην Ευρώπη, στην περιοχή των Άνδεων από τους Ισπανούς κατακτητές ενώ στα τέλη του ίδιου αιώνα φτάνει στην Αφρική.
Ήδη από τη δεκαετία του 1540 η τομάτα άρχισε να παράγεται σε διάφορες χώρες της Ευρώπης, ενώ χρησιμοποιήθηκε ως φαγητό στις αρχές του 17ου αιώνα. Όμως, σε αρκετές χώρες με ψυχρότερο κλίμα, όπως επίσης και στην Ιταλία, μέχρι την αρχή του 18ου αιώνα, χρησιμοποιούσαν την τομάτα μόνο ως επιτραπέζια διακόσμηση και η καλλιέργειά της γινόταν κυρίως για διακοσμητικούς σκοπούς των κήπων και όχι για φαγητό.
Έως τα μέσα του 19ου αιώνα η τομάτα εισάγεται στην Ασία και άρχισε να χρησιμοποιείται ευρέως στη Συρία, το Ιράν και την Κίνα. Μια από τις ποικιλίες που πιθανότατα αναπτύχθηκαν στην Αμερική είναι ο τύπος της μικρόκαρπης τομάτας η οποία θεωρείται και ο άμεσος πρόγονος της σημερινής καλλιεργούμενης Σαντορινιάς τομάτας. Το 1850 εισάγεται η πρώτη τομάτα στη Σαντορίνη από τη Σύρο και το 1875 εισάγεται για πρώτη φορά η μικρόκαρπη τομάτα από την Ανατολή και ειδικότερα από την Αίγυπτο.
Βασικό χαρακτηριστικό της σαντορινιάς τομάτας, αλλά και ευρύτερα των θηραϊκών αγροτικών προϊόντων, είναι η έλλειψη βρόχινου νερού και συχνού ποτίσματος, γι’ αυτό και ονομάζονται άνυδρα. Το νερό της πρωινής και νυχτερινής ατμοσφαιρικής υγρασίας που προέρχεται από την εξάτμιση της καλντέρας η οποία αποθηκεύεται στην κίσσηρη του εδάφους, συγκρατείται στους πόρους της ελαφρόπετρας που υπάρχει στο νησί.
Τον Οκτώβριο το χωράφι σπέρνεται με φακή η οποία αφού αναπτυχθεί μέχρι τα μέσα Ιανουαρίου παραχώνεται στο έδαφος και λειτουργεί ως χλωρά λίπανση. Από τις 15 Φεβρουαρίου έως τις 15 Μαρτίου γίνεται η σπορά της τομάτας απευθείας στο χωράφι κατά σορούς 30-40 σπόρων μέσα σε λάκκους σχηματίζοντας ευθείες γραμμές στα επίπεδα χωράφια και ισοϋψείς καμπύλες για τα επικλινή.
Τον Απρίλιο γίνεται το πρώτο αραίωμα των φυτών και αφήνονται 4-5 ρίζες ενώ μετά από λίγες μέρες γίνεται το δεύτερο αραίωμα όπου αφήνονται 2-3 ρίζες οι οποίες είναι οι καλύτερες. Όταν μεγαλώνουν τα φυτά και ξεκινούν να παράγονται τομάτες, οι αγρότες γέρνουν τα φυτά στην κατεύθυνση που δεν τα πειράζει η ορμή του ανέμου και τα σκεπάζουν με χώμα.
Αρχές του Μάη βγαίνουν οι πρώτες τομάτες και στα τέλη του Ιουνίου αρχίζει ο τρύγος τους ή αλλιώς η μικρή βεντέμα. Η περίοδος συγκομιδής της τομάτας ξεκινάει μετά τις 25 Ιουνίου και ολοκληρώνεται του Προφήτη Ηλία, 20 Ιουλίου. Η έλλειψη νερού όμως δεν μπορεί να προσφέρει μεγάλη παραγωγή όπως γίνεται σε άλλες περιοχές της Ελλάδας. Ενώ στη Σαντορίνη η παραγωγική περίοδος της τομάτας περιορίζεται στις 20-25 μέρες, σε άλλες περιοχές μπορεί να φτάσει τους έξι μήνες και να καλύψει και περισσότερες από μια ποικιλίες τομάτας. Η παραγωγή στη Σαντορίνη μπορεί να φτάσει έως τα 1.400 κιλά ενώ σε κάποια άλλη περιοχή τα 12.000 ή και περισσότερα κιλά.
Η τομάτα Σαντορίνης κατατάσσεται στις μικρόκαρπες με μέσο όρο 30γρ/καρπό. Οι περισσότερες ποικιλίες τομάτας που έχουν καλλιεργηθεί στο νησί έχουν μεταλλαχθεί εκτός από αυτή της κατσαρής. Ο συγκεκριμένος σπόρος ενώ μπορεί να καλλιεργηθεί σε άλλα μέρη του κόσμου δε μπορεί να προσφέρει την ίδια γεύση και περιεκτικότητα με αυτή που υπάρχει όταν καλλιεργείται στο νησί και αυτό λόγω του ηφαιστειογενούς εδάφους της Σαντορίνης. Αυτός θα είναι και ένας από τους βασικούς λόγους που θα καταστήσουν το Σαντορινιό Τοματάκι το 2006 ως Προϊόν Προστατευόμενης Προέλευσης (ΠΟΠ).
Αναπτύσσεται μεταξύ 80-90 ημερών και έχει σχήμα ελλειπτικό ελαφρώς πεπλατυσμένο και με έντονα σχηματισμένες θηλές – εσχαρώσεις, χαρακτηριστικά που βρίσκονται πιο έντονα στους καρπούς της ρίζας. Έχει αντοχή στη ξηρασία, στην έλλειψη ασβεστίου και σε μυκητολογικές ασθένειες.
Σήμερα το τοματάκι Σαντορίνης δεν αποτελεί μια μόνο ποικιλία αλλά εμφανίζει παραλλαγές στο παραγωγικό δυναμικό σε βασικά περιγραφικά χαρακτηριστικά του φυτού και του καρπού. Υπάρχει α) η Αυθεντική ή αλλιώς καθαρή μικρόκαρπη τομάτα, “marmade”, η οποία είναι από 4,46 Χ 2,76 χιλ. και δίνει 33γρ/καρπό β) η Καϊσιά ή αλλιώς Παραδοσιακή που είναι ελαφρά πεπλατυσμένη – σφαιρική 3,46 Χ 2,53 χιλ. ,20-25γρ./καρπό και γ) το Κώτικο τοματάκι το οποίο είναι ελαφρά επιμήκης σφαιρική. Ο πρώτος τύπος τομάτας έχει πολύ υψηλό παραγωγικό δυναμικό και πρωιμότητα με 8 ταξιανθίες ανά φυτό. Και οι δύο πρώτοι τύποι έχουν βαθύ έντονο χρώμα στους καρπούς. Η αυλακώσεις εμφανίζονται κυρίως στον αυθεντικό τύπο τομάτας ενώ στον παραδοσιακό τύπο κυρίαρχο σχήμα είναι το σφαιρικό. Και οι 3 τύποι καλλιεργούνται ως μίγματα με αποτέλεσμα να δημιουργείται πανσπερμία γενετικών υλικών που μπορεί να έχουν επιμολυνθεί με ποικιλίες κερασοτομάτας, βιομηχανικής τομάτας κλπ.
Τα πρώτα χρόνια εισαγωγής της, η Σαντορινιά τομάτα χρησιμοποιούταν ως νωπή και σταδιακά επεκτάθηκε στην παραγωγή άλλων προϊόντων όπως λιαστή, για τοματοπολτό ή αποφλοίωση αλλά και για την παρασκευή γλυκών και άλλων παραδοσιακών εδεσμάτων. Αιτία της μεγάλης διάδοσης της καλλιέργειας της μικρόκαρπης τομάτας της Σαντορίνης αποτελούσε η μεγάλη ζήτηση που είχε ο τοματοπολτός της και οι υψηλές τιμές που είχε στην αγορά. Η συγκεκριμένη ποικιλία έχει εξαιρετική ποιότητα πλούσιου εκχυλίσματος, δηλαδή υψηλή περιεκτικότητα σε λιπαρές ουσίες και ιμβερτοσάκχαρα, και εξαιρετικό άρωμα καρπού με ευχάριστη γεύση. Είναι μια πηγή σημαντικών θρεπτικών συστατικών όπως το λυκοπένιο, το β-καροτένιο και η βιταμίνη C, τα οποία όλα έχουν θετικές επιπτώσεις στην ανθρώπινη υγεία.